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如果在注册公司名称时发现有重复的公司名称，可以采取以下步骤来处理。
1、核实重复情况：确保所查询的公司名称确实与已有的公司名称重复，可以通过搜索工具或相关政府部门的企业注册信息网站进行查询。
2、考虑名称变体：在确认重复后，可以考虑使用公司名称的变体或类似名称来避免重复，可以在名称中添加地域、行业、产品等关键词来区分。
3、创新或调整名称：如果无法找到满意的变体，可以考虑重新构思一个独特的公司名称，确保新的名称能够体现公司的特色和价值观，并且不与已有公司重复。
4、查询商标和版权：在确定公司名称之前，还需要查询该名称是否已被注册为商标或存在版权问题，如果存在商标或版权纠纷，可能需要进一步处理或避免使用该名称。
5、咨询专业人士：在处理公司名称重复问题时，建议咨询专业的律师或企业注册代理机构，他们可以提供专业的建议和解决方案。
6、提交名称预先查询申请：在提交公司注册申请之前，可以向相关政府部门提交公司名称预先查询申请，这样可以确保所选名称在注册前不会与已有公司重复。
如果发现注册的公司名称重复，可以通过核实情况、考虑名称变体、创新或调整名称、查询商标和版权、咨询专业人士以及提交名称预先查询申请等方式来处理，重要的是要确保最终使用的公司名称是独特且合法的，以避免法律纠纷和其他风险。